Adli Tıp Kurumu, işkence gören gençlere 'sağlam' raporu düzenlemek, 14 yaşındaki kıza cinsel istismarda bulunmakla yargılanan gazeteci Hüseyin Üzmez davasındaki 'mağdurun fizikî ve ruhî zarar görmediği' şeklindeki raporuyla tartışmalara sebep olmuştu. Bakan Şahin, Üzmez kararında imzası bulunan 6. İhtisas Kurulu'nun başkan ve 2 üyesini değiştirerek Adli Tıp'a ilk neşteri vurdu. Son operasyonda görevden alınan Keramettin Kurt, 2003 yılından bu yana kurumun başındaydı.
Adli Tıp, 3. İhtisas Dairesi Başkanı Nur Birgen'in Susurluk Davası hükümlüsü eski Özel Harekat Dairesi Başkan Vekili İbrahim Şahin'e verdiği 'sürekli hasta' raporuyla da tartışıldı. İşkence gören gençlere 'sağlam' raporu verdiği için meslekten men cezası alan Birgen, 2003'teki raporuyla İbrahim Şahin'e af yolunu açmıştı. Aynı kurulun üyelerinden Prof. Dr. Erbil Gözükırmızı'nın ise İşçi Partisi'nin üyesi olduğu ortaya çıkmıştı. Gözükırmızı, İP tarafından 22 Temmuz genel seçimlerinden önce 'müstakbel gençlik ve spor bakanı' olarak ilan edilmişti. Adalet Bakanı, Hüseyin Üzmez'in tahliyesine sebep olan raporu veren 6. İhtisas Kurulu'nun başkan ve 2 üyesini değiştirerek Adli Tıp'ta ilk operasyonu yapmıştı. En son Fahri Kasırga'nın genel seçimler nedeniyle adalet bakanı olduğu 2007 yılı Haziran ayında 4 yıllığına başkanlığa yeniden atanmıştı. Kurt, ilk olarak Cemil Çiçek'in adalet bakanı olduğu 2003 yılı Ocak ayında başkanlığa getirildi.