Ergenekon davasının görüldüğü İstanbul 13'üncü Ağır Ceza Mahkemesi, 37'si tutuklu 52 şüpheli hakkında hazırlanan 3'üncü iddianameye ilişkin kabul ya da ret kararını 15 günlük yasal sürenin dolduğu son gün olan 5 Ağustos 2009 Çarşamba günü açıklayacak. Ergenekon soruşturmasını yürüten savcıların hazırladığı 1454 sayfalık iddianame, 21 Temmuz 2009'da davanın görüleceği İstanbul 13'üncü Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderilmişti.
İddianamede, örgütün gerçekleştirmeyi planladığı eylemler, suikast planları ve örgütün içinde vahim nitelik taşıyan silahlarla ilgili detaylar anlatıldığı belirtildi. İddianamenin sanıkları arasında, eski Özel Harekat Dairesi Başkan vekili İbrahim Şahin, Özel TİM polisleri, Prof. Dr. Yalçın Küçük, Hava personel Kurmay Albay Cengiz Köylü, Türk Metal Sendikası Genel Başkanı Mustafa Özbek, Yarbay Mustafa Dönmez, muvazzaf teğmenler ve Başkent Üniversitesi Rektörü Mehmet Haberal bulunuyor.
Üçüncü iddianamede yer alan suçlamaların başında TBMM'yi ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etme, hükümeti ortadan kaldırmaya veya görevini engellemeye teşebbüs etme, silahlı terör örgütü kurma ve yönetme, devletin güvenliğine ilişkin gizli belgeleri temin etme, açıklanması yasaklanan gizli bilgileri temin etme, sayı ve nitelik bakımından vahim olan silah veya mermilerin satın alınması, taşınması ve bulundurulması, tehlikeli maddeleri izinsiz olarak bulundurma, hukuka aykırı olarak kişisel verileri kaydetmek, özel hayata ilişkin görüntü ve sesleri ifşa etmek suçları bulunuyor.