İddiaya göre Adalet Bakanı Bekir Bozdağ, İzmir Cumhuriyet eski Başsavcısı Hüseyin Baş'ı 3 kez telefonla arayıp, 'liman yolsuzluğu'nu soruşturan Örgütlü Suçlar Bürosu Cumhuriyet Savcısı Ali Çelik'ten dosyanıın alınıp, sanıklara gözaltı yapılmadan çağrı yöntemi ile savcılık tarafından ifadelerinin alınmasını istedi. Ancak Başsavcı soruşturmanın usulünce ihbar üzerine başlatıldığını söyleyip bu talepleri reddetti.
Bu görüşmenin ardından mesai bitiminde Adalet Bakanı Müsteşarı Kenan İpek İzmir Cumhuriyet Başsavcısı'nı iki kez arayarak aynı talepleri dile getirdi. Adalet Bakan Müsteşarı da soruşturmada gözaltı yapılmamasını, soruşturmanın ilgili savcıdan alınmasını istedi. Ancak başsavcının soruşturmanın usulen doğru yapıldığını izah etmesi üzerine düşünmesini isteyerek telefonu kapattı. İlerleyen saatlerde Başsavcı'yı tekrar arayan Adalet Bakanı Müsteşarı Kenan İpek taleplerini tekrarladı. Bu kez konuşmasını "Bu saatte git. Cumhuriyet savcısını değiştir, tüm kararları iptal et, bu soruşturmayı durdur, bunu yapmazsanız sonuçlarına katlanırsınız" diyerek telefonu kapattığı ileri sürüldü.
Başsavcı da Müsteşar'ın taleplerini yerine getirmediği gibi 'soruşturmaya müdahale' ettiği için Adalet Bakanlığı'na ve HSYKY'ya şikayet etti. Bakan hakkında ise 4 Ocak'ta fezleke hazırlayıp TBMM'ye gönderdi. Ardından HSYK Kış kararnamesiyle Başsavcı Hüseyin Baş, görevden alınarak, 7 yıldır kağıt üzerinde kurulu Samsun Bölge Adliye Mahkemesi Başsavcılığı'na getirildi.
TBMM Başkanlığı, 27 Ocak 2014 tarihinde Adalet Bakanı Bekir Bozdağ hakkında İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'nın hazırlayıp gönderdiği fezlekeyi, Adalet Bakanlığı üzerinden Başbakanlık vasıtasıyla gönderilmemesini gerekçe göstererek 'usul eksikliği' görüşüyle İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'na iade etti.
TBMM Başkanlığı, Cumhuriyet başsavcılıkları tarafından gönderilen yazıların Adalet Bakanlığı üzerinden Başbakanlık vasıtasıyla TBMM Başkanlığı'na gönderilmesi gerektiğini belirtti.
Bakan Bekir Bozdağ hakkında düzenlenen ve TBMM Başkanlığı tarafından İzmir Cumhuriyet Başsavcılığı'na geri gönderilen dosya, soruşturma yapması için İzmir Cumhuriyet Başsavcı vekili Gökhan Karaburun'a verildi. Bozdağ, hakkında tutanak ve fezlekeyi inceleyen Başsavcı vekili Karaburun'un, geçen 11 Şubat'ta takipsizlik kararı verdiği ortaya çıktı. Başsavcı Vekili takipsizlikle ilgili gerekçesine ise Anayasa'nın 100 maddesini dayanak gösterdi. İlgili yerlere gönderilen takipsizlik kararına yasal süre olan 15 gün içinde kimse itiraz etmeyince, Bakan Bozdağ hakkında düzenlenen fezlekenin bir hükmünün kalmadığı ortaya çıktı. Müşteşar Kenan İpek, hakkındaki soruşturmanın ise HSYK tarafından yürütüldüğü öğrenildi.
ANAYASA'NIN 100. MADDESİ
İzmir Cumhuriyet Başsavcı vekili Gökhan Karaburun'un takipsizlikle ilgili gerekçesine dayanak gösterdiği Anayasa'nın 100. Maddesi:
Başbakan veya Bakanlar hakkında, Türkiye Büyük Millet Meclisi üye tamsayısının en az onda birinin vereceği önerge ile, soruşturma açılması istenebilir. Meclis, bu istemi en geç bir ay içinde görüşür ve gizli oyla karara bağlar. Soruşturma açılmasına karar verilmesi halinde, Meclisteki siyasi partilerin, güçleri oranında Komisyona verebilecekleri üye sayısının üç katı olarak gösterecekleri adaylar arasından her parti için ayrı ayrı ad çekme suretiyle kurulacak 15 kişilik bir komisyon tarafından soruşturma yapılır. Komisyon, soruşturma sonucunu belirten raporunu iki ay içinde Meclise sunar. Soruşturmanın bu sürede bitirilememesi halinde, komisyona iki aylık yeni ve kesin bir süre verilir. Bu süre içinde raporun Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanlığı'na teslimi zorunludur. Rapor Başkanlığa verildiği tarihten itibaren on gün içinde dağıtılır, dağıtımından itibaren on gün içinde görüşülür ve gerek görüldüğü takdirde ilgilinin Yüce Divana sevkine karar verilir. Yüce Divana sevk kararı ancak üye tam sayısının salt çoğunluğunun gizli oyuyla alınır. Meclisteki siyasi parti gruplarında, Meclis soruşturması ile ilgili görüşme yapılamaz ve karar alınamaz.