İki gazeteci, önce soruşturmayı yürüten Cumhuriyet Savcısı Zekeriya Öz tarafından Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'nde sorgulandı.
Nedim Şener ve Ahmet Şık daha sonra da tutuklanmaları istemiyle İstanbul Nöbetçi 10. Ağır Ceza Mahkemesi'ne sevk edildi.
Gazeteciler, işlemlerinin tamamlanmasının ardından tutuklanıp, Metris Cezaevine gönderildi.
Nedim Şener ve Ahmet Şık ile birlikte polis memuru Aydın Bıyıklı ve yazar İklim Bayraktar da adliyeye sevk edilmişti.
Aydın Bıyıklı ve İklim Bayraktar, savcılık tarafından sorgulanmaları sonrası serbest bırakıldı.