Ergenekon davasının üçüncü iddianamesinde ilginç detaylar yer alıyor. Yalçın Küçük'ün, Oda TV Genel Yayın Yönetmeni Barış Pehlivan'a Cumhurbaşkanı Gül'ün Ermeni olduğu yönünde yayın yapılması için talimat verdiği iddia ediliyor.
Ergenekon soruşturması kapsamında Oda TV'nin sahibi Soner Yalçın, Genel Yayın Yönetmeni Barış Pehlivan ve Ergenekon davası sanıklarından Prof. Dr. Yalçın Küçük tutuklanmıştı. Oda TV'den çıkan belgelerde Yalçın Küçük'ün Ergenekon örgütünün amaçları doğrultusunda medya üzerinden dezenformasyon amaçlı yönlendirme yaptığına yönelik bilgilere ulaşılmıştı. Ergenekon davasının üçüncü iddianamesinde de Yalçın Küçük ile Oda TV arasındaki ilişkileri gösteren çarpıcı bir detay yer alıyordu. Küçük'ün 2008 yılı Aralık ayında telefonla görüştüğü Oda TV Genel Yayın Yönetmeni Barış Pehlivan'a Cumhurbaşkanı Abdullah Gül'ün soy ağacıyla ilgili yapılan haberlerde yönlendirme ve talimatlar verdiği iddia ediliyor.
Mahkeme kararıyla yapılan teknik takibe yansıyan telefon konuşmasında Barış Pehlivan, Küçük'e "(Canan) Arıtman'ın 'Gül'ün annesi Ermeni'dir' sözünün üzerine, Soner Bey bir soy ağacı çıkartmıştı belki hatırlarsınız. Onu girdik. (Oda TV internet sitesinde)" diyor. Küçük, "Ben de size onun için telefon ettim. Daha doğrusu işaret ettim. Soner ile de görüşün. Bir defasında bu işe müdahale edecek misiniz diye sormuştum. Eğer müdahale edecekseniz beni 15-20 dakika sonra arayın" diyor.
Yalçın Küçük konuşmanın devamında, kaleme aldığı Tekeliyet-2 isimli kitabında Gül'ün 'Sabetayist' olduğu yönündeki yazısını hatırlatıyor. Gül'ün yazı üzerine kendisine gönderdiği ve kitapta yer alan iddiaların doğru olmadığını anlatan mektubunun da kullanılmasını istiyor. Aynı konuşmada Küçük'ün, "Ondan sonra bende başka bilgiler var. Bir de çok kategorik olarak söyleyeceğim. Türkiye'de kökeninde Ermeni olan hiç kimse Çankaya Köşkü'ne veya Başvekâlete çıkamaz. Bir de Soner (Yalçın) ile konuşun" diyor.
Küçük ile Pehlivan arasındaki görüşmenin yapıldığı gün, yani 18 Aralık 2008'de Oda TV'de yayınlanan "Cumhurbaşkanı Gül'ün annesi Ermeni mi değil mi?" başlıklı haber dikkat çekiyor. Haberde CHP milletvekili Canan Arıtman'ın başlattığı tartışmaya yer veriliyor. Konuyla ilgili tartışmalarının devam etmesi üzerine Cumhurbaşkanı, basına soy ağacıyla ilgili bir mektup göndermiş ve sülalesinin Türk ve Müslüman olduğunu belirtmişti. Açıklama üzerine Oda TV'de 22 Aralık 2008'de yine bir haber yayınlanıyor. 'Cumhurbaşkanı Gül verdiği yanıtta neyi eksik bıraktı?' başlıklı haberde Gül'ün açıklamasının tatmin edici olmadığına yönelik ifadeler dikkat çekiyor. Cumhurbaşkanı Gül'ün soy ağacıyla ilgili haberlerin ısrarla sürdürülmesi, Yalçın Küçük'ün tartışmayı devam ettirme yönündeki tavsiyelerinin kabul gördüğünü ortaya koyuyor.
Cumhurbaşkanı'nın soy ağacıyla ilgili ilk tartışma cumhurbaşkanlığı seçimlerinden önce 2007 yılı Ağustos ayında Soner Yalçın'ın köşesindeki yazıyla başlamış ve ardından CHP'li Canan Arıtman tarafından devam ettirilmişti. Yazının yayımlandığı günlerde piyasaya çıkan Ergenekon tutuklusu Ergun Poyraz'a ait "Musa'nın Gül'ü" isimli kitapta da, Cumhurbaşkanı'nın soyuyla ilgili yalan iddialar yer almıştı.