A2 Futbol Ligi'nde 2012-2013 sezonu 17 ve 18 Eylül'de oynanacak ilk hafta maçlarıyla başlayacak.
Türkiye Futbol Federasyonu'ndan (TFF) yapılan açıklamaya göre, bu sezon ilk kez, katılım şartlarını yerine getiren Spor Toto 2. Lig ve Spor Toto 3. Lig takımlarının da mücadele edeceği A2 Ligi'nde kademe grubu maçları 3 Ocak 2013'te oynanacak 22. hafta müsabakalarıyla sona erecek.
2'si 11 takım, 2'si 12 takımdan oluşan 4 grupta toplam 46 takım arasında çift devreli lig usulüne göre oynanacak kademe grubu müsabakaları sonucu ilk 2 sırayı alan toplam 8 ekip, final grubunu oluşturacak.
Tek grupta çift devreli lig usulüne göre oynanacak final grubu müsabakaları 4 Şubat 2013 tarihinde başlayıp, 9 Mayıs 2013 tarihinde 14. hafta maçlarıyla tamamlanacak. Müsabakalara sıfır puanla başlanacak olan final grubu sonunda ilk 4 sırayı alan takımlar play-off müsabakalarına katılmaya hak kazanacak.
Kademe müsabakaları sonunda 2 grupta 3-11 ve 2 grupta 3-12 sırayı alan toplam 38 takım arasında, 4 grupta çift devreli lig usulüne göre oynanacak A2 Ligi klasman grubu maçları ise 31 Ocak 2013'te başlayıp, 9 Mayıs 2013 tarihinde oynanacak müsabakalarla tamamlanacak.
Play-Off müsabakalarında ise final grubunu ilk 4 sırada bitiren 4 takım ile klasman grubu müsabakaları sonunda gruplarında ilk sırayı alan 4 takım, TFF tarafından belirlenecek olan tarafsız sahalarda, tek maç eleme sistemine göre A2 Ligi Türkiye şampiyonunu belirlemek için karşılaşacak.