Bütün bu olaylar ve Mustafa beyin tutarsız açıklamalarından sonra polis soruşturma başlattı. Nilgün hanımın eşi Mustafa Şimşek ile birlikte oğlu tutuklanarak 3,5 ay ceza evinde kaldı. Ceza evinde kalan oğlu Ömer'in anlattıkları da olayın bir kayıptan çok cinayet olduğu izlemini verdi. Ömer polise verdiği ifade de "Babama Nilgün annenin nerede olduğunu sorduğumda yeter artık dayanamadım ben gerekeni yaptım,onu öldürdüm dedi. Etraftan soran olursa Almanya'ya tedaviye gitti derim bir süre sonrada öldü derim dedi. Ben babamın Nilgün annemi tam olarak ne zaman nasıl öldürdüğü bilgi sahibi değilim. Ama babamın bana onu öldürdüm detayını sorma lafını çok iyi hatırlıyorum." açıklamasını yaptı.