Engin, Ergenekon davası kapsamında 7 Ocak 2009 tarihinde, eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, eski MGK Genel Sektreteri Tuncer Kılınç, eski Genelkurmay Adli Müşaviri Erdal Yenel, emekli Org. Kemal Yavuz, yazar Yalçın Küçük ve eski Özel Harekât Daire Başkan Vekili İbrahim Şahin de bulunduğu 37 kişi ile birlikte gözaltına alınmış ve 11 Ocak 2009'da tutuklanarak cezaevine gönderilmişti. Ancak Aydın ile Yalçın Küçük'ün avukatlarının tutukluluğa yaptığı itiraz üzerine Aydın ve Küçük 11 gün tutuklu kaldıkları Silivri Cezaevi'nden tahliye edilmişti.

Aydın, Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan 3. iddianamede de sanık olarak yer aldı. Aydın'ın "silahlı terör örgütüne üye olmak" suçundan 7.5 yıldan 15 yıla kadar hapsi istendi. Aydın hala aynı dava kapsamında tutuksuz sanık olarak yargılanıyordu. Engin Aydın'ın iddianamede örgüt toplantısı olarak nitelendirilen 'Kent Otel' toplantılarının sekreterliğini yaptığı iddia ediliyordu. Bu toplantılara Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) üyesi Ali Fuat Ertosun'un da 13 kez katıldığı iddia edilmişti.

Akciğer kanserine yakalandığı öğrenilen ve uzun süredir kemoterapi tedavisi gören Aydın önceki gün Ankara'daki evinde geçirdiği kalp krizi soncu hayatını kaybetti.

Aydın'ın cenazesi bugün Kocatepe Camii'nde öğle namazının ardından kılınacak cenaze namazından sonra toprağa verilecek