Almanya'nın Stuttgart Kickers takımından 2004 sezonunda Gençlerbirliği'ne transfer olan Murat Kalkan, Kırmızı-siyahlı ekiple 1 yılı opsiyonlu 5 yıllık sözleşme imzalamıştı. Kırmızı-siyahlı camiada 4 yılını bu sezon sonunda dolduracak olan Murat Kalkan için Trabzonspor'un devreye girdiği öğrenildi. İHA muhabirinin edindiği bilgiye göre, Bordo-mavili ekibin 22 yaşındaki oyuncuyla görüştüğü ve tarafların anlaşmaya vardığı öğrenildi. Bu sezon sonunda sözleşmesi biten Murat Kalkan'ın opsiyonu kullanmayacağı ve Trabzonspor'a imza atacağı ifade edildi.

İlk sezonunda, Gençlerbirliği PAF takımında forma giyen Murat Kalkan, 2. sezonunu Mardinspor'da kiralık olarak geçirdikten sonra, son 2 sezonda Gençlerbirliği Oftaşspor'da kiralık olarak forma giydi. Genç ve Ümit Milli Takımlar'ın da formasını giyen Murat Kalkan, genellikle savunmanın solunda oynamasına rağmen, orta sahada ve forvette de görev yapabiliyor.